疾病的分類方法主要有四種：

從形態(tài)分：

以隆、赤巴、培根來區(qū)分。隆病42種，赤巴病26種，培根病33種。共計(jì)101種病。

從疾病性質(zhì)分：

分為本系、旁系兩類。本系疾病分為增型和損型，又各分別有增、極增、特增和損、極損、特?fù)p之異，共18種病。旁系病分合癥、并癥、并發(fā)癥三型，其中合癥、并癥各分成均增型、偏增型和均損型、損型。本系旁系的疾病共計(jì)74種。旁系中的并發(fā)癥有27種。上述病癥合為101種。

按疾病發(fā)生部位分：

大致分為身、心兩部位的疾癥。心病指瘋狂、病等。身體病包括內(nèi)臟、頭部五官、咽喉部等部位病，身體下部包括二陰病，還有皮膚病，脈絡(luò)、骨骼等部位病。以及身體內(nèi)外的赤巴病，水腫、膨脹、疾病、熱病、中毒等?？倲?shù)共計(jì)101種。

以疾病種類分：

分為身體內(nèi)部病、瘡傷、熱癥、雜癥等，合計(jì)也是101種。

以上四種分類方法共計(jì)疾病404種，與佛教“四大”學(xué)說思想相關(guān)，反映了佛學(xué)文化的豐富內(nèi)含。但現(xiàn)代藏醫(yī)學(xué)已不僅局限于這四種分類法了。